Uma boa ferramenta para juntar diversos documentos PDF em um único arquivo no Debian (ou derivados) é o pdftk. Para instalar esse pacote, faça:
# apt-get install pdftk
Para juntar os documentos, basta rodar:
$ pdftk arquivo1.pdf arquivo2.pdf [...] arquivoN.pdf output tudojunto.pdf
Fonte: MeuPinguim
Obs.: se quiser usar o programa em modo gráfico, instale o pacote pdfchain através do comando apt-get install pdfchain.
